A solução dada foi seguir os passos abaixo:
1) Passar a licença atual em uso para "Somente Consulta"
2) Cadastrar no portal a nova empresa
3) Criar uma licença nova para essa nova empresa (empresa 2).
4) Cadastrar no GigaERP a nova empresa (empresa 2).
5) Incluir a permissão de acesso a essa nova empresa para todos usuários cadastrados no GigaERP.
6) Fechar o GigaERP
7) Limpar a pasta de licença
8) Configurar o GigaGerenciador com os dados da nova licença (e, deixar apenas ela no gerenciador). Somente a licença criada (da empresa 2) deve estar configurada no gerenciador.
9) Fazer o download da nova licença.
10) Chamar o suporte, porque será necessário rodar um script em função dessa troca.
11) Entrar no sistema (SOMENTE APÓS O ITEM 10 ACIMA TER SIDO FEITO).
12) Acessar o cadastro de empresas (consultar a empresa 1 e clicar no botão confirmar, consultar a empresa 2 e clicar em confirmar)
13) Fazer Logout do sistema (fechar o sistema).
14) Fazer novo login (deve estar disponível apenas a empresa 2).
15) Instalar o Certificado Digital da empresa nova.
16) Entrar no GigaERP e fazer:
- Cadastrar o imposto dos produtos na empresa 2.
- Criar o cadastro de série do documento fiscal para a empresa 2.
- Verificar e acertar todos os parametros gerais para a empresa 2 (não esquecer os da emissão de documentos próprios).
- Configurar o DocFix para a empresa 2.
17) Fazer um teste de emissão para verificar se ficou tudo ok.