Esse problema pode ocorrer devido a informações incorretas no XML que foi originado. Em suma, o valor do frete que deveria ser pago pelo destinatário, foi marcado para ser pelo emitente, mas esse valor não foi rateado no custo dos produtos. Sendo assim, o valor no final não irá bater com o total da fatura, pois o sistema irá subtrair o valor do frete (visto que foi marcado a flag pra ser pago pelo emitente) ocasionando a diferença no produto. A solução desse problema é que no XML originado, deve estar o valor do frete rateado no valor dos produtos, e indicado que será por conta do destinatário.