Com relação a NFCe:
No GigaERP ir até a opção 6.4.10 (Desativar a Contigência da NFCe) e clicar no botão desativar.
Depois entrar no gerenciador de notas e sincronizar as NFCe com a SEFAZ.
Aquelas que tiverem rejeição por não estarem na base da SEFAZ devem ser marcadas e, deve ser clicado no botão "Retransmitir em Lote" (essa opção ajusta a data de emissão para o dia corrente e reenvia para SEFAZ).
Com relação a NFe:
O edoc e o docfix transmitem as notas automaticamente, quando a comunicação com a SEFAZ é reestabelecida.
O GigaERP (para as notas emitidas pelo nosso gerenciador) precisa entrar na tela de gerenciamento de notas e sincronizar pra atualizar o status das notas.
Lembrando também que para sair do estado de emissão em contingência, voltando para o estado normal, deve-se voltar ao Cadastro de Série dos Documentos Fiscais e configurar Tipo de Emissão = Normal.