Estava dando o erro pq não tinha um cadastro da bandeira que eles estavam passando.

Como o estado de MS valida a bandeira utilizada na emissão de nota fiscal, é necessário que faça o cadastro de CADA bandeira que irá utilizar e respectivamente o cadastro de suas tarifas.
A bandeira que o cliente estava tentando passar era elo, então criamos outro cadastro de operadora cielo informando a bandeira elo.

Depois foi feito o cadastro das tarifas de crédito e débito para essa operadora/bandeira.
E, então, o problema ficou resolvido.