Os erros nos levaram a crer que se tratava de uma daquelas situações referente a falta de impressora padrão no sistema, e ou também, problemas relativos ao visualizador de .pdf. Perdemos um bom tempo com isso.
Resumindo, ao final, foi identificado que as notas não estavam no banco do Docfix e a franquia lembrou-se de que fizeram uma recuperação de dados (no windows), depois de uma atualização dele. O que fez o sistema operacional reverter o banco de dados, aos dados anteriores.
A verificação pode ser feita via IBExpert, abrindo-se o banco do DocFix e executando-se a SQL abaixo:
select * from documento doc
where doc.id_doc_cliente = '35210303368152000130580010000002491864766257'
(onde deve ser colocado a chave da nfe que se deseja procurar. A chave pode ser pega consultando o cadastro de nota no GigaERP.)
A franquia ficou de pegar os XML e rodar o importador de XML do docfix para recompor.
(foi passado sugestão que o sistema, simplesmente, desse uma mensagem do tipo: "nota fiscal inexistente no docfix")