Foi constatado que o software do fabricante encontra o SAT mas o GigaERP não.
A franquia dizia já ter removido o SAT.ini e tentando refazer.
Foi solicitado inicialmente uma foto para verificar-se a situação dos Leds do SAT e, constatou-se estar ok.

Para esses casos os passos são:
1) Ir em %appdata% e excluir o SAT.ini
2) Verificar no banco de dados se existe um registro de SAT com o numero de série zerado (se existir, excluir)
3) Encontrar todas as dlls de SAT que estejam espalhadas pelo sistema e remover, deixando apenas a especifica do modelo em uso (que pode ser até a usada pelo software do fabricante, uma vez que ele está rodando). Essa pesquisa pode ser feita com o software Everything (que é gratuito).
No caso desse atendimento, o que resolveu foi o item 3.