Após diversas verificações (já que os sintomas sugeriam ser algum dado, ou algo no banco), foi constatado que o cliente estava com o parâmetro abaixo:

Então, foram feitos alguns testes e constatado que o parâmetro acima estava determinando o que deveria aparecer a nível do campo código. O cliente foi orientado a usar 1 (codigo interno) ou 3 (referência). Dessa forma o código passou a aparecer. No caso de se escolher referência, os produtos precisam ter o código de referência; caso contrário, vai dar o mesmo problema.